股权转让个人所得税的计算是按公平交易价格计算并确定计税依据。当计税依据明显偏低且无正当理由的时候，税务机关可以采用本公告列举的方法来核定。股权转让所得应纳个人所得税额是股权转让应纳税所得额的20%。
计税依据明显偏低且无正当理由的判定方法如下：
(一)符合下列情形之一且无正当理由的，可视为计税依据明显偏低：
1、申报的自然人转让股权价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;
2、申报的自然人转让股权价格低于对应的净资产份额的;
3、申报的自然人转让股权价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的;
4、申报的自然人转让股权价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的;
5、经主管税务机关认定的其他情形。
(二)本条第一项所称正当理由是指以下情形：
1、所投资企业连续三年以上(含三年)亏损;
2、因国家政策调整的原因而低价转让股权;
3、将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人;
4、经主管税务机关认定的其他合理情形。
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